Aqui os dejo el como hacer backup a todo un servidor web corriendo con el famoso panel de control Plesk:
Ejecutando la siguiente linea de comandos se hace un backup de todos los dominios, clientes, emails, en un servidor Plesk, pero se omiten los archivos logs de los diferentes servicios:
pleskbackup –server -c –skip-logs
Podeis mirar las distintas opciones que nos da el comando pleskbackup en la guia oficial de la linea de comandos de Plesk.